研究関連

非結核性抗酸菌で代表的な Mycobacterium avium （以下M. avium） は免疫力の低下した HIV 感染者や高齢者を中心に感染し、結核と同じような症状を引き起こします。しかし、結核菌と異なり、 M. avium はしばしば難治性となることがありますが、未だその治療法は確立されていません。
東名古屋病院では M. avium の VNTR を解析することで遺伝子的に分類し、新しい治療法の足がかりになるための研究を行っています。

 

M.avium のVNTR型別解析

VNTR型別解析とは

VNTR は遺伝子上にある数十塩基対の繰り返し配列です。M. avium はその遺伝子中に複数のVNTR 領域を持っています。
同じ M. avium でも株により各 VNTR 領域の繰り返し数が異なります。
この VNTR の繰り返し数が株の間でどれくらい異なるかを調べるのが VNTR 型別解析です。

 

目的

M. avium 感染症はしばしば難治性となることがあります。しかし、その要因については未だ分かっていないことがたくさんあります。
難治性となる株を遺伝子的に分類し、その株について研究することで新たな発見があるかもしれません。またその分類に応じて治療方針を変更可能になるかもしれません。
そうした治療の足がかりを作ることが大きな目的です。

 

実験方法

1. 菌株から DNA を抽出します。
2. 抽出された DNA をテンプレートととし、各 VNTR 領域をPCR 法で増幅します。
3. 増幅された DNA を電気泳動し、増幅された領域の塩基対数を確認します。
4. 塩基対数から各領域の繰り返し数を推定し、その値をアリルプロファイルとします。
5. 各株のアリルプロファイルを比較し、遺伝子的な距離を推定します。

 

系統樹形図の推定

得られた情報をコンピュータに計算させることで、系統樹形図を推定します。遺伝子的に近い株ほどぶどうの房のように集合します（クラスターの形成）。これにより各株を遺伝子的に分類することができます。

 

参考文献

以下の文献を参考させて頂いております。
西森敬　他、VNTR型別による結核菌群及び鳥型結核菌の分子疫学解析マニュアル．
動物衛生研究所報告．2003；109：25